Il parco nazionale del Gargano tutela una eccezionale concentrazione di habitat diversi.
Si passa dalle coste alte e rocciose, ai valloni caldi del versante meridionale, ricchi di specie rare ed endemiche di piante ed animali, alle faggete centrali situate ad una quota assai più bassa del normale e ricche di esemplari plurisecolari, alle pinete mediterranee di pino d’Aleppo.
Dal punto di vista faunistico l’eccezionalità del promontorio é data dalla presenza, ad esempio, del capriolo o delle specie di picchi (rosso maggiore, mezzano, minore, di Lilford, gli ultimi due assai rari e localizzati, presenti in Italia unicamente all’interno di aree protette) che sottolineano il valore naturalistico delle foreste.
Il sottobosco delle foreste garganiche, come anche le praterie steppice, sono ricchissimi di fiori. Nel caso delle orchidee selvatiche, di cui il Gargano è la località più ricca d’Europa e del bacino mediterraneo, sono presenti ben 56 specie e 5 sottospecie.
